Etnografiska avdelningen bildades år 1900 vid Naturhistoriska riksmuseet, som då lydde under Kungl. Vetenskapsakademien. Tidigare ingick de etnografiska föremålen i de så kallade vertebratsamlingarna, tillsammans med arkeologiskt material från områden utanför Europa.
Innan samlingarna kunde samlas under ett tak var de spridda över flera institutioner, bland annat Kungl. Vitterhetsakademien, Uppsala universitet och Svenska Sällskapet för antropologi och geografi.
I dessa tidiga samlingar ingår föremål som Linnés lärjungar tog med sig hem under sina resor på 1700-talet i Afrika, Stilla havet och östra Asien, liksom material från James Cooks expeditioner. Under senare delen av 1800-talet och första hälften av 1900-talet genomfördes en rad svenska upptäckts- och forskningsresor utanför Europa, där insamling av föremål och arkeologiska fynd ofta ingick. Några av de mest uppmärksammade är Vega- och Vanadisexpeditionerna samt Sven Hedins resor. Kamerans introduktion under 1800-talet innebär att många av dessa expeditioner också dokumenterades fotografiskt.